微生物實驗室不同于一般的科研實驗室建設，一般都是由主體實驗室和輔助功能實驗室組成，大致分為準備室、洗滌室、滅菌室、無菌室、恒溫培養室和普通實驗室，以下為關于微生物學實驗室的主要設備。

潔凈工作臺

??潔凈工作臺是一種提供局部高潔凈度工作環境通用性較強的空氣凈化設備。空氣從預過濾器和高效過濾除塵后以垂直或水平層流狀態通過工作臺的操作區，由于空氣沒有渦流，任何灰塵都能被排除，可使整個操作區保持無菌狀態。

高壓蒸汽滅菌鍋

??高壓蒸汽滅菌鍋是一個密閉的、耐受一定壓力的雙層金屬鍋。鍋底或夾層內盛水，水在鍋內沸騰時使鍋內壓力逐漸升高，水的沸點和溫度都隨之升高，達到高溫滅菌的效果。一般在0.11MPa的壓力下，121℃滅菌20~30min，包括芽孢在內的所有微生物均可被殺死。

培養箱

??專門培養微生物設備，微生物實驗室常用450×450×350mm3或650×500×500mm3容積，適用于室溫至60℃之間的各類微生物培養。目前培養箱設備有低溫培養箱、恒溫培養箱、恒溫恒濕培養箱、二氧化碳培養箱、微生物多用培養箱。

干燥箱

??除去器皿內外水分的設備。微生物學實驗室多用箱式干燥箱，大小規格不一。目前市面上還有制熱升溫式干燥箱、真空干燥箱，可根據不同性質的實驗室采購。

搖床

??又稱搖瓶機，種子擴大培養之用，常用的搖床有往復式和旋轉式。往復式搖床的往復頻率一般在80~140次/min，沖程一般為5~14cm，旋轉式搖床的偏心距一般在3~6cm之間，旋轉次數為60~300rpm。放在搖床上的培養瓶（一般為三角瓶）中的發酵液所需要的氧是由空氣經瓶口包扎的紗布(一般8層)或棉塞通入的，所以氧的傳遞與瓶口的大小、瓶口的幾何形狀、棉塞或紗布的厚度和密度有關。

顯微鏡

??光學顯微鏡：又分為單式顯微鏡和復式顯微鏡2種，單式顯微鏡即放大鏡（放大倍數常在10倍左右），構造復雜的單式顯微鏡為解剖顯微鏡（放大倍數在200左右）。

??非光學顯微鏡：電子顯微鏡。

??在微生物學的研究中，主要是復式顯微鏡。

接種箱

??接種箱分為固體菌種接種箱和液體菌種接種箱兩種。固體菌種接種箱是一個用木料和玻璃制成或由有機玻璃焊接而成的密閉小箱，液體菌種接種箱是專為移接液體菌種而設計。

??操作：接種箱滅菌時，用紫外線照射30min。如果沒有紫外線燈，可用甲醛和高錳酸鉀（甲醛10～14mL/m3+高錳酸鉀5～7g/m3空間）熏蒸30min以上。使用時，先將所需物品和工具放入接種箱內，然后進行藥劑熏蒸和紫外線滅菌，再按無菌操作進行接種。

冰箱

??分普通冰箱和低溫冷凍冰箱。普通冰箱溫度分別為4℃和－20℃；低溫冷凍冰箱溫度一般控制在－40～－80℃。它們都可用于微生物菌種保藏，保藏時間在3個月左右。超過3個月的要轉接菌種，如果要長時間保存菌種，則需要經過處理后，貯藏于普通冰箱的冷藏柜或低溫冷凍冰箱中，它們的保藏時間較長，一般都在1年以上。